張漢超(張晞臨 飾)和董琦(黃俊鵬 飾)又在隧道里里外外查找了一遍，沒發(fā)現(xiàn)有炸藥的蹤影。而此時(shí)的秀愛玲已經(jīng)啟動(dòng)了保密局新的特務(wù)人員系統(tǒng)，躲在了附近。專案組的其它人趕來隧道，將季愛玲(楊凱迪 飾)是049的消息告知了張漢超。楊誠(李乃文 飾)分析如果有第二套遙控引爆裝置的話，一定是在一公里范圍內(nèi)，派出所長想起了附近的護(hù)林小屋，專案組等人來到小屋外，季愛玲開了冷槍，將所長打傷。
雙方展開了激烈的槍戰(zhàn)，特務(wù)加上季愛玲只有三人，但是擁有機(jī)槍等重武器。專案組前后包夾，將守在外面的特務(wù)打死，同時(shí)沖進(jìn)屋內(nèi)把季愛玲打成重傷。看到桌上的起爆裝置，楊誠立刻緊急排險(xiǎn)，在張漢超兩人的配合下，終于解除了危險(xiǎn)，但季愛玲乘此機(jī)會(huì)向二人開槍，董琦舍身救下他們，自己卻和季愛玲一同中彈，眼見不行了。
董琦犧牲了，專案組的每個(gè)人想到與董琦的交集，想到董琦年邁的父母，想到董琦為了破獲這起案件不被他人所理解和受到的誤會(huì)，心中萬分悲痛。隧道保住了，專列順利通過，專案組的任務(wù)完成，但大家都高興不起來。專案組和哈爾濱當(dāng)?shù)毓惨黄鹑チ硕抑校母赣H還是不能理解他，直到看了董琦留給他們的信，而這封信的內(nèi)容讓所有在場的人竦然動(dòng)容。
當(dāng)董琦的父親得知兒子保護(hù)了專列時(shí)，泣不成聲，他向公安局長表示兒子的死是光榮的，看著兩位老人，專案組和公安局的人都被感動(dòng)得落淚。專案組趕回北京，但更重要的任務(wù)還在等待他們。1949年建國以后，特務(wù)活動(dòng)猖獗，他們把目標(biāo)瞄準(zhǔn)了為新中國做出巨大貢獻(xiàn)的學(xué)者和知識分子。
古建筑學(xué)家半夜里被人殺害，兇手手段殘忍，而且偽造了現(xiàn)場。一大早上張漢超路過宿舍院，看到發(fā)生人命案，進(jìn)去簡單地查勘了現(xiàn)場，因?yàn)榘讣w屬于市公安局管轄，他特意叮囑警察，這不是一起普通的謀殺案。公安部內(nèi)，周副局長召集專案組眾人開會(huì)，要求做好國慶的保衛(wèi)工作，張漢超因?yàn)椴榘高t到，被周副局長批評了幾句。
會(huì)后，專案組又聚到一起，為這次特殊任務(wù)開始工作，張漢超回想起早上那樁命案，認(rèn)為很有可能是特務(wù)搞破壞，他和王黎生(葉靜 飾)專程再去了現(xiàn)場仔細(xì)勘查。
