一九四五年九月九日，南京，日本受降儀式馬上開始。火車站，留學(xué)歸來的偵探程慈航(喬振宇 飾)，腦海中閃現(xiàn)一幕，女朋友小玉被日本鬼子追殺，手中有日本511部隊(duì)秘密研究的生化武器，交代程慈航一定要安全帶出去，讓全世界知道日本人的惡性。
程慈航帶著資料離開，小玉被殺害，程慈航知道中田(任大為 飾)在南京，發(fā)誓一定要找到中田為小玉報(bào)仇。一會(huì)就是受降儀式，警察廳廳長(zhǎng)莫采石(巫剛 飾)卻去了火車站，留霍然(屈剛 飾)總長(zhǎng)在那監(jiān)督值班。程慈航看見提著箱子的小野追去，莫采石也下令一定要抓到小野。
就在程慈航要制伏小野時(shí)，警員歐陽倩(安以軒 飾)和關(guān)天平(司源 飾)趕來，小野趁機(jī)逃跑，莫采石拿到箱子。程慈航看見歐陽倩第一眼愣住了，跟小玉實(shí)在是太像了。歐陽倩認(rèn)為程慈航是日本人，要將其抓走，程慈航解釋自己是莫采石的親戚，大家聽了只是笑。
莫采石將那個(gè)箱子放到了中央博物院的青銅館，命名為五九檔案。程慈航被帶到郊區(qū)，想辦法逃跑了，可歐陽倩又找到了程慈航，將其帶回警察局。霍然指責(zé)莫采石留自己這個(gè)警察署的總長(zhǎng)去值班，懷疑火車站的火拼跟莫采石有關(guān)系，而莫采石臨陣脫崗，總長(zhǎng)必須向上頭匯報(bào)，莫采石解釋他是接到總裁侍從室的命令，奪回日軍研究生化武器的資料。
中田知道程慈航手里還有一份研究生化武器的資料，命令小野務(wù)必找到程慈航。飛賊許老二和徒弟在警察局內(nèi)賊劉阿常(馬侖 飾)的幫助下盜走了五九檔案。刑偵處處長(zhǎng)嚴(yán)達(dá)慶(王品一 飾)接到中央博物院失竊的案子，安排正在審訊程慈航的歐陽倩出警。
霍然下令將程慈航請(qǐng)回南京，參與五九檔案的偵察。
