鄭成功(何家勁 飾)包圍了南京城，正要攻城之時，卻發(fā)現(xiàn)城墻上捆綁著柳圓圓。守城的清將也乞求鄭成功，說清廷的規(guī)矩，過三十日城失，則罪不及妻兒，乞藩主寬三十日之限，即當開門迎降！鄭成功答應了清將的請求，黃梧卻說不應該顧忌一個女人的生死。
鄭成功說你背上不是寫著一為大明，二為圓圓嘛。黃梧說國姓爺應該看清楚是大明在前圓圓在后。明孝陵，鄭成功舉起一杯酒緩緩灑在地上，祭奠先王。這天，他又看見了天上的彩云。馬信問鄭成功，南京城的防衛(wèi)幾乎崩潰，此時不攻城更待何時？
"鄭成功說天下皆知我國姓軍是仁義之師，既然已經(jīng)做了承諾，我們就要遵守。我對南京有抹不去的深情，不能再讓無辜的百姓慘遭滅頂之災。臺灣阿里山山洞里，郭懷一和凱茵(張彤 飾)帶著殘余的起義部隊躲在山洞里。何斌趕來告訴大家，國姓爺已經(jīng)揮師北伐，現(xiàn)在已將南京城團團圍住，不日就會攻克南京，接下來就要揮師東向，收復臺灣。
何斌說已經(jīng)把鹿耳門的平面圖交給了國姓爺，最近再好好測量一下鹿耳門的潮位，確保萬無一失。南京城外，黃梧已經(jīng)失去了耐心，他拔箭彎弓射向柳圓圓，柳圓圓中箭從城頭跌落。鄭成功見狀，憤怒地拔劍直指黃梧。忽然間，吶喊一片，李率泰率援兵趕到，南京城的清兵也殺了出來，鄭軍將士促不及防，損失慘重。
陳永華率丐幫弟子趕到，掩護鄭成功撤上戰(zhàn)船。馬信孤身一人闖到城墻下，他殺退清兵救出了柳圓圓。鄭成功的戰(zhàn)艦向南撤退，將士們不少掛彩，柳圓圓也昏迷不醒，鄭成功狂呼：天道在哪兒？！眾將見此情景，黯然淚下。(字幕：3年以后)沈佺期隱居處，他告訴鄭成功不必太計較一次戰(zhàn)斗的得失，只要堅持弘復天道，就會有結果的，但一定不要優(yōu)柔寡斷，兒女情長就難免英雄氣短呀。
鄭家軍處于低潮，軍心浮動，連鄭泰都懷疑國姓爺可能會就此垮了，他暗中讓人另開商號，為自己留條后路。鄭芝魁仿佛有看到了希望，他說天天為了一點糧草和清兵打拉鋸戰(zhàn)，長久下去，鄭成功肯定是消耗不起，黃梧建議他及早做打算。
柳圓圓的傷勢已經(jīng)痊愈，她拒絕的馬信的挽留，說要到國姓爺府上陪董姐姐。董夫人上山勸鄭成功說，你能挺住，鄭家軍就垮不了。議事廳內(nèi)，眾將領吵成一團，誰也不明白鄭家軍該往何處去。陳永華說服眾將士的支持和理解鄭成功。
陳永華勸鄭成功盡快收復臺灣，驅(qū)逐荷夷。鄭成功說眼前必須先消滅來犯的清兵。鹿耳門港道口，何斌和凱茵戴著斗笠，佯裝正在垂釣，他們騙過了揆一也測量了水道的潮汐變化。馬得功前往臺灣，希望能支持一部分火炮來對付共同的敵人鄭成功，揆一這次擺起了架子，他說目前還沒有共同的敵人，鄭成功只要和我們進行合理的貿(mào)易就不是我們的敵人，至于火炮只要你出得起錢，就賣。
馬得功告訴揆一他身邊有鄭成功的奸細。阿讓了解了到何斌受鄭成功的委托，暗中向商船征收捐稅并鼓動山民囤積糧食，迎接國姓軍。揆一大怒，下令逮捕何斌。在阿甘的掩護下，何斌逃脫追捕，躲到了山洞里。
