被Diana擊中的Tom生命垂危，NTAC則抓住機會使用釙元素"凈化"Tom體內(nèi)的納米機器人。隨后，他們找來Shawn為Tom療傷，Tom 的命保住了。與此同時，Shawn的弟弟把七竅流血的媽媽送進了醫(yī)院。
但糟糕的是，凡是靠近他一定距離的人，很多人都會出現(xiàn)同樣的癥狀，最終倒地死亡－－這是典型的抗Promicin癥狀。原來，Shawn的弟弟所產(chǎn)生的超能力就是在普通人群中傳播Promicin，速度比流感還快。
見到眼前這種恐怖景象，Shawn的弟弟轉(zhuǎn)身逃進了黑夜中。恢復(fù)正常后的Tom為自己做過的壞事深感自責(zé)，Meghan好言勸慰。醫(yī)院的情況越來越嚴重，NTAC下令封鎖了醫(yī)院。Shawn的弟弟向Shawn尋求幫助，并承認自己該為媽媽的死負責(zé)。
悲痛之余，Shawn決定設(shè)法阻止這場悲劇。Isabelle仍然在"印記人"和"預(yù)言之城"之間舉棋不定。盡管她不想再做個壞人，但Rebecca提醒她，她的命掌握在"印記人"手里。預(yù)言之城里，Kyle以領(lǐng)導(dǎo)人的身份發(fā)表電視講話，表示預(yù)言之城可以協(xié)助西雅圖控制局勢。
此時，Promicin瘟疫已經(jīng)蔓延到了醫(yī)院之外的地方，甚至包括 NTAC總部，整個西雅圖陷入一片混亂。Marco對NTAC總部所有活下來的人（包括Meghan）進行了Promicin測試，結(jié)果顯示大家都呈陽性，唯獨Diana例外－－原來，在上一季中Kevin對Diana的Promicin實驗使她產(chǎn)生了抗體。
Meghan眼見形勢失控，決定向預(yù)言之城妥協(xié)，并同時派Diana去4400中心幫助研究Promicin抗體。而Tom聯(lián)想到自己恢復(fù)正常的事"印記人"并不知道，決定打入對方內(nèi)部，以靜制動。Meghan親自來見Kyle，請求他臨時幫助維持西雅圖的秩序。
她要求Kyle在事情結(jié)束后歸還管理權(quán)，卻渾然不知自己已經(jīng)成了超能人中的一員。Rebecca見西雅圖形勢大好，遂命令I(lǐng)sabelle殺死Kyle。Tom若無其事地走進來，但是Rebecca還是從他的言行舉止中察覺出了蛛絲馬跡，頓時起了疑心。
4400中心，Kevin檢查Diana后得出結(jié)論，Promicin的抗體并不是稀有的東西，相反，在日常生活中非常普遍。為了贖罪，Shawn 的兄弟不肯接受Shawn和Kevin的方案，不愿意再傷害無辜的人。
最終，為了減輕弟弟的痛苦，Shawn親手殺死了弟弟。接連失去兩位親人， Shawn痛不欲生。Tom偷偷溜進關(guān)押Jordan的房間，兩人達成了一項臨時性的互助協(xié)議。但是"印記人"的保鏢們很快將他們抓獲。Isabelle闖進預(yù)言之城，但是在最后時刻，她放棄了殺害Kyle。
她想Kyle訣別后，返回了"印記人"的老巢。當(dāng)"印記人"啟動她大腦中的破壞裝置后，她忍著最后一口氣殺死了Rebecca，救出了Tom和Jordan。Shawn和Diana召開新聞發(fā)布會，將Kevin對Promicin抗體的研究結(jié)果公諸于眾。
Tom將一份"印記人"的名單交給Jordan。因為"印記人"所附身的都是聲名顯赫的人，政府拿他們無能為力，只有靠Jordan和他的秘密組織來對付這些人。八天后，Shawn為母親和兄弟舉行了葬禮。Shawn、Kyle和Tom三個爭斗了好長時間的親人，終于又聚到了一起。
經(jīng)過此時事件，西雅圖新增了至少9000名超能人，Jordan Collier的隊伍越發(fā)壯大。Jordan堂而皇之地在市政大廳前的廣場舉行超能人集會，并邀請媒體到場采訪，宣稱新時代的來臨。空無一人的4400中心，Shawn坐在自己的辦公桌前，盯著一本雜志上Jordan Collier的封面照發(fā)呆；NTAC，Meghan手里的筆突然變成了馬蹄蓮，她又驚又喜；Garrity特工發(fā)現(xiàn)自己一分為二，平白無故多了個克隆的 "雙胞胎"；Marco發(fā)現(xiàn)自己竟然有了時空轉(zhuǎn)換的超能力（如同Heroes中的Hiro）。
Maia對Jordan重新掌握局面甚為高興，但Diana 卻憂心忡忡。Kyle回到家中，再次勸說父親注射Promicin，并親手將注射器放在他的面前。高速公路上，原本佇立的"歡迎來到西雅圖"的標(biāo)牌，已被超能人改成了"歡迎來到預(yù)言之城"。
西雅圖已徹底被超能人掌控。
