朝廷同時(shí)任命沈葆楨任欽差大臣，赴臺(tái)灣處理軍務(wù)。劉永福派曾阿富將犧牲的黑旗軍弟兄們的骨灰?guī)Щ貜V西老家,并護(hù)送劉永福妻小回去見母親，讓義子認(rèn)祖歸宗。廣西巡撫潘鼎新奉命逮捕劉永福妻小，而廣西提督馮子材深敬劉永福其人，設(shè)計(jì)解救，后因此事，被革職，歸家養(yǎng)老。
越南國(guó)王望劉永福駐留，條件是入越南籍，劉永福不愿。他想起馮提督曾寫書信，希望他回國(guó)報(bào)效，決定去鎮(zhèn)南關(guān)找馮子材聯(lián)合抗法。潘鼎新在鎮(zhèn)南關(guān)設(shè)下圈套準(zhǔn)備剿滅黑旗軍，劉永福因不愿雙方相殘而撤退。此時(shí)，越南國(guó)王也同意讓他保留國(guó)籍，以客軍身份駐扎。
沈葆楨精心計(jì)劃,欲痛擊已登陸的日軍，卻突然收到朝廷密令“釁不我開”，只好按兵不動(dòng)。沈請(qǐng)旨應(yīng)戰(zhàn)，西太后借機(jī)教導(dǎo)同治帝,此事也改由恭親王出面與日方交涉。臺(tái)灣戰(zhàn)事影響其它列強(qiáng)的貿(mào)易往來，他們向朝廷抗議，清廷措手不及。
1874年10月31日,舉棋不定的清廷拒絕了沈葆楨的請(qǐng)戰(zhàn)，同日本簽訂《中日北京專條》。不久，同治帝辭世，光緒帝登基。光緒五年，日本以北京專條為由,正式吞并琉球國(guó)，改為沖繩縣。
