徐鶴喬(李川 飾)中了宇文桓(史元庭 飾)的圈套，來到勾欄院中找到張差丟失的尸體。當段謹(陳燁林 飾)意識到這一切都是宇文桓的圈套，而欲帶徐鶴喬逃之夭夭時，卻為時已晚，朱常洛已帶眾人趕到勾欄院內。以包庇畸眾徐鶴喬的罪名將段氏兄妹逮捕后，朱常洛屏退眾人，單獨將徐鶴喬留下問話。
得知徐鶴喬已經(jīng)知道自己的身份后，朱常洛也不愿再兜圈子，便打開窗戶說亮話。盡管徐鶴喬已經(jīng)認命，不愿與朱常洛去爭奪那本屬于自己的皇位，但朱常洛為了穩(wěn)住自己的皇位，還是賜予徐鶴喬毒酒一杯。為了能讓朱常洛安心的成為他所說的明君，徐鶴喬在為段容(余玥 飾)段謹求的一線生機后，甘愿飲下了朱常洛賜給自己的毒酒。
泰昌元年，公元一六二零年，明光宗朱常洛駕崩。朱常洛繼位僅一個月，因服用紅丸意外身亡，史稱“紅丸案”。而此時的重明衛(wèi)內，剛剛清醒過來的徐鶴喬因看到守候在自己身旁的段容段謹，而推斷定是朱常洛不守信用，不但殺了自己，還違背對自己的諾言，處死了段氏兄妹二人，卻不料是自己尚在人間。
回憶起當天朱常洛給自己講的故事，徐鶴喬得知原來自己的生母乃是被秘密送入宮中，想要謀得皇上盛寵后產(chǎn)下皇子，為畸眾謀得平權理想的眾多小宮女中的一個。誰料，自己的母妃在眾多宮女中脫穎而出，不但得到了先皇的寵幸，還順利的誕下了自己，因先皇十分喜愛徐鶴喬，遂將其母妃封為王恭妃。
本來，一切都是那樣的順利，卻不料，小太監(jiān)啟壽無意間通過尋幽尺發(fā)現(xiàn)了王恭妃的畸眾身份，鄭貴妃便想借此至王恭妃于死地，張差為了保護王恭妃和小皇子，便用普通人的尸體，偽裝了王恭妃假死，并暗中用普通嬰兒替換了小皇子。
為了方便王恭妃母子日后相認，張差將兩塊一模一樣的隕石吊墜交給二人，作為信物。待鄭貴妃找來重明衛(wèi)檢測小皇子的畸眾身份時，尋幽尺自然沒有任何反應，這件事就這樣完美的隱瞞了過去。張差本計劃風平浪靜后，再將小皇子換回，卻不知什么原因，此事一直沒有成功。
后來，王恭妃念子心切，偷潛入宮，沒想到剛好挺擊案事發(fā)。鄭貴妃派殺手對朱常洛下手，張差阻止，卻被王恭妃錯看成張差是要殺她的兒子，王恭妃情急之下，為了保護兒子，便使用了異能桃花源，并借宇文桓之手，殺死了張差。
但直到張差死去，他也沒有說出小皇子的下落。這就是挺擊案，而徐鶴喬苦苦找尋了多年真兇，竟然是自己的生母王恭妃。而令眾人不解的是為何徐鶴喬得知了挺擊案的真相之后，朱常洛還會放其一條生路。待生活一切恢復寧靜后，徐鶴喬又重操舊業(yè)，將勾欄院重新開業(yè)。
誰料，勾欄院再次開業(yè)當天，啟安卻帶著太上皇的遺詔到此，命徐鶴喬速速請旨入宮。原來一切都在萬歷帝的掌控之中，他不但早就為徐鶴喬算計好了一切，還恢復了徐鶴喬重明衛(wèi)的身份。而重明衛(wèi)的故事才剛剛開始，徐鶴喬進宮后，等待他的又是什么呢?（本季終）
