盧定軍(馬德鐘 飾)、沈燕茹(馮文硯 飾)和顧明(袁滿 飾)三人終于找到了軍火庫的大門。盧定軍打開大門，發(fā)現(xiàn)軍火庫的大批細菌武器和金銀珠寶，大喜過望。他命顧明將這些東西裝載到運輸車上，而顧明卻利用這個機會偷偷在車上安裝了定時炸彈，企圖釋放病毒。
麻泗水趕到據(jù)點指揮著軍統(tǒng)特工們開始行動。盧定軍發(fā)現(xiàn)了顧明的真實身份，將其一槍斃命，準備離開之際才發(fā)現(xiàn)顧明在兩輛車上都裝了炸彈。此時，麻泗水帶著軍統(tǒng)特工們和高飛(奇道 飾)等人齊齊包圍盧定軍等人，并對其開火射殺，不料，盧定軍以炸藥逼迫開車逃走。
軍統(tǒng)和共黨雙方試圖搶奪盧定軍留下的病毒和珠寶，卻得知車上都被裝了定時炸彈。軍統(tǒng)發(fā)現(xiàn)拆彈不成，帶隊撤離。炸彈很快會引爆運輸車，為了龍車百姓的安慰，老宋和賀敏(孫藝寧 飾)駕車離開，金小班(張承 飾)急忙跳上了賀敏的車。盧定軍帶著珠寶和沈燕茹坐上了逃亡的火車，卻不料高飛和沈冰(董維嘉 飾)追來。
雙方展開了生死之戰(zhàn)，一番殊死搏斗后，沈燕茹被沈冰殺死，盧定軍被高飛打倒。此時，金小班成功將運輸車開到郊外引爆，危機化解，賀敏得救，老宋壯烈犧牲。高飛回到車廂內(nèi)準備帶沈冰離開，卻不料此時火車開到了斷崖，而沈冰被盧定軍用手銬銬住，無法逃脫，危難之際，沈冰將高飛甩下火車，并囑托高飛一定要救他們的孩子。
火車沖下了斷崖，高飛攤倒在地。金小班抓了麻泗水逼他供出了高飛女兒的所在，高飛孤身前往救出了女兒高小飛，臨出門之際，他們突然遭遇襲擊，一個形似沈冰的女人救了他們一命，高飛告訴女兒她媽媽回來了。此時，賀光輝(劉威 飾)收到了一份電報，上級祝賀特工003與他們順利合作完成任務。
